بافر TAE یک محلول بافر است که شامل مخلوطی از باز Tris ، اسید استیک و EDTA است .
در زیست شناسی مولکولی از آن در الکتروفورز آگارز به طور معمول برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک مانند DNA و RNA استفاده می شود . این ماده از بافر تری استات ، معمولاً با pH 8.3 و EDTA ساخته شده است که کاتیونهای دوظرفیتی را ترشح می کند. TAE دارای ظرفیت بافر پایین تر از TBE است و به راحتی می تواند خسته شود ، اما DNA خطی و دو رشته ای در TAE سریعتر حرکت می کند.
پیش از این ، بادی و کرن با تعویض بافر TBE و TAE تهیه یک رسانای کارآمدتر و ارزان تر در سیستم های ژل ، بافرهای الکتروفورز را ساده می کردند.
کاربردهای بافر TAE
بافر TAE(Tris -استات-EDTA) به عنوان یک بافر در حال اجرا و در ژل آگارز مورد استفاده قرار می گیرد. استفاده از آن در دناتوره کردن روش های الکتروفورز ژنتیکی و بدست آوردن شیب برای آنالیز جهش دامنه وسیع نیز مرسوم است. از TAE با غلظت های مختلف برای بررسی تحرک DNA در محلول حاوی و عاری از کلرید سدیم استفاده شده است . با این حال ، غلظت بالای کلرید سدیم (و بسیاری از نمکهای دیگر) در یک نمونه DNA تحرک آن را به تاخیر می اندازد. این ممکن است به تفسیر نادرست از الگوی باندینگ DNA منجر شود.
تهیه بافر TAE
بافر TAE معمولاً به عنوان محلول 50X برای مصارف آزمایشگاهی تهیه می شود.
تهیه محلول 0.5 مولار EDTA
محلول EDTA باید پیش از موعد تهیه شود. تا زمانی که pH در حدود 8.0 تنظیم نشود ، EDTA کاملاً وارد محلول نخواهد شد. برای تهیه ی 500 میلی لیتر از محلول نیم مولار EDTA ، 93.05 گرم نمک دی سدیم EDTA را وزن کنید (FW = 372.2). سپس آن را در 400 میلی لیتر آب دیونیزه حل کرده و pH را با هیدروکسید سدیم (NaOH) تنظیم کنید. پس از آن ، محلول را به حجم نهایی 500 میلی لیتر برسانید.
تهیه محلول بافر 50x TAE
محلول غلیظ 50x TAE را با وزن 242 گرم از باز تریس (FW = 121.14) تهیه کرده و آن را در حدود 750 میلی لیتر آب دیونیزه حل کنید. با دقت 57.1 میلی لیتر اسید استیک یخبندان و 100 میلی لیتراز محلول 0.5 مولار EDTA (pH 8.0) اضافه کنید.
پس از آن ، محلول را به حجم نهایی 1 لیتر برسانید. محلول بافر 50x TAE را می توان در دمای اتاق ذخیره کرد. pH این بافر تنظیم نشده است و باید در حدود 8.5 باشد.
تهیه محلول بافر 10X TAE
برای تهیه ی 1 لیتر محلول بافر 10X TAE ، 48.5 گرم تریس را در 800 میلی لیتر آب دیونیزه حل کنید. 11.4 میلی لیتر اسد استیک یخبندان و 20 میلی لیتر از محلول 0.5 مولار EDTA (pH 8.0) اضافه کنید.
تهیه محلول بافر 1X TAE
محلول غلیظ 50x TAE را می توان با نسبت 49: 1 با آب رقیق کرد تا محلول 1X TAE ایجاد کند. این محلول 1X TAE حاوی 40 میلی مولار تریس ، 20 میلی مولار اسید استیک و 1 مولارEDTA است.
روش دیگر : محلول بافر 10X TAE را می توان با نسبت 1:9 با آب رقیق کرد تا محلول 1X TAE ایجاد کند. این محلول 1X TAE نیز حاوی 40 میلی مولار تریس ، 20 میلی مولار اسید استیک و 1 مولارEDTA است.
ویژگی های TAE در الکتروفورز چیست؟
تریس یک باز قوی (T) است ، استات (A) یک اسید است و ترکیب (TA) بافر در دامنه کمی قلیایی (pH 8-8.5) است. در این شرایط کمی قلیایی ، DNA به بهترین وجه در برابر هیدرولیز محافظت می شود. EDTA یک عامل شلات سازی است که یون های دو ظرفیتی ، به ویژه یون های منیزیم را توقیف می کند. این مزیت بافر TAE است زیرا آنزیم DNAse برای فعالیت خود به یون های منیزیم احتیاج دارد. بنابراین همه اینها برای حفاظت از DNA در حالی که روی ژل حرکت می کند موثر است.
ترکیبی از بافر TA و EDTA (TAE) برای الکتروفورز ژل آگارز از قطعات DNA بزرگ (2 کیلوباز یا بزرگتر) استفاده می شود زیرا به نظر می رسد هنگام استفاده از استات استخراج قطعات بزرگ DNA بسیار آسان تر است. یک بافر محبوب تر برای الکتروفورز DNA آگارز TBE است (اسید استیک با اسید بوریک جایگزین می شود). TBE یبافر بهتری است و بیشتر افراد از این استفاده می کنند. ژلهای بافر TBE معمولاً در مقایسه با TAE باند های واضح تری به دست می آورند اگر که قطعات کوچکتر از 2 کیلوباز باشند.
عوارض بافر TAE
بافر TAE ممکن است باعث سوزش پوست و سوزش چشم شود. در صورت بلعیدن ممکن است مضر باشد. در بافر TAE هیچ ماده ای مطابق معیارهای OSHA خطرناک نیست.
